水晶不同於人造寶石，由於是大自然的產物，難免存在一些不完美等現象，但這些都不屬於瑕疵，是寶石的自然特質也是自然寶石證明，簡點來說，就是每顆石的證書。以下有12種不同種類的瑕疵說明。
- 髮根：是髮絲的根源所在，一般髮絲是從黑色根部生長形成內部成分金紅石與雲母組成。
- 礦缺：是水晶表面坑洼，是水晶在生長過程中留下的痕跡見證本來包括有其他礦物晶體，由於表面拋光，使礦物脫落，留下空缺。
- 綹裂：是由於受地殼運動產生的次生綹裂，成岩露出地表後才產生的。原生綹裂有些已經被後期熱液活動覆蓋。
- 冰裂：是玉石漫長的生長過程中其生長環境的不斷變化，地殼運動，地震等造成其晶體內部裂紋狀，稱為冰裂紋。在粉晶，紫水晶，白水晶內部很常見。
- 伴生礦：是對主要晶體而言。由於它們具有相似的地球化學性質和共同物質來源，因而常伴生在同一晶體內。
- 色帶：是有色水晶在生長過程中由於地殼運動周圍環境產生變化會出現深淺顏色導致同一顆水晶有深淺兩種顏色。
- 黑點：是水晶在形成過程中產生的內部沈澱物，慢慢沈澱到一個點所形成，形狀一般為偏圓形。
- 雲母片：是水晶在形成過程中產內生部沈澱物集中到一片所形成，會比黑點要大一些。
- 內部包裹物，是包裹並生其它礦物質，形成條件是水晶在地下的生長過程中受地殼變動等影響滲入了其他礦物質所形成的自然印記。
- 棉絮或雲霧：是透明水晶內部有霧蒙蒙的感覺，或者有棉絮狀物質存在在這些晶體內部，呈霧狀或棉絮狀，俗稱棉絮或雲霧。鈦晶、紫水晶、茶晶、金髮晶裡面較多。
- 平頭：是在水晶圓珠中多見，珠子在打磨過程中大塊包裹物脫落，又被磨平形成這種也叫扁珠。
- 崩口：是水晶屬於比較脆，韌性較弱的產品，所以在打孔過程容易出現一些崩口但是並不影響其串制手鏈和項鏈也對其他的功效不產生影響。